Однако заказники, несмотря на их большую роль, в охране и восстановлении многих промысловых животных и ряда редких видов, неспособны сохранить все биоразнообразие степной зоны. Они охватывают важные и ценные в природном отношении преимущественно древесно-кустарниковые и водно-болотные угодья и связанные с ними комплексы биоразнообразия. Доля этих угодий в области незначительна. Доминирующие и характерные для зоны плакорные целинные земли представлены в них лишь небольшими участками. Степные ландшафты в ГОЗах большей частью распаханы (260,73 тыс. га), а сохранившиеся сенокосы и пастбища (208,23 тыс. га) включают в той или иной степени стравленные скотом земли, склоны балок и оврагов, террасы рек.
В настоящее время основная масса представителей степного комплекса биоразнообразия остается малочисленной (дрофа, стрепет, змееяд, южнорусская перевязка). Продолжают сокращаться численность и районы распространения степной гадюки, степного орла-могильника, степной пустельги, степного, малого и серого жаворонков, степного хорька и т. д. В регионах исчезают степной толстун, канюк-курган ник, степной лунь.
Для сохранения, восстановления и устойчивого использования биоразнообразия необходимо организовать ряд ГОЗов на сохранившихся целинных степных землях, за счет присоединения других территорий расширить площади этих земель в существующих заказниках, выделить имеющиеся в них целинные степные участки с сохранившимся биоразнообразием в ПП с заповедным режимом; использовать различные биотехнические мероприятия по реаклиматизации, сохранению, увеличению численности редких и имеющих хозяйственное значение представителей флоры и фауны.
ГОЗы, охватывающие обычно наиболее богатые фауной и ценные природные угодья, играют важную роль в биомониторинге.
В разрабатываемых региональных стратегиях и планах действий, на основе которых национальные существующие и проектируемые ГОЗы вместе с другими ООПТами должны войти в логические сети.