На Западе Индонезии обитают такие крупные животные, как однорогий и двурогий носороги, слоны, орангутанги, тигру. На Западе — мелкие обезьяны. На Востоке – сумчатые животные.
На Суматре и Калимантане обитает малайский медведь, на Калимантане и Яве – дикая свинка бабируи, черный гиббон, бантенг и «носатая обезьяна», а на Сулавеси – карликовый бык аноа.
Большинство крупных млекопитающих обитают на Суматре: дикие слоны, пантеры, тапиры, орангутанги.
Для Индонезии, из более крупных животных характерны полуобезьяны тупайи. Летучая лисица калонг. Еще здесь можно встретить довольно интересных плацентарных млекопитающих панголин.
На Востоке хозяйничают кускусы, ехидны, муравьеды и древесные кенгуру.
Крокодилы и змеи широко распространены в большинстве районов Индонезии. На острове Комодо расположились гигантские ящерицы – варан, агамы, игуаны, токэ и агамы.
Необычайно богат мир пернатых, особенно на островах Малые Зондские и Молуккские. На этих островах можно встретить райскую птицу-павлин, птицу-носорога, казуара, птицу-маньяр и различные виды попугаев.
Почти по всей территории порхают ястребы, орлы, соколы, совы, аисты, лесные голуби, бакланы, фрегаты, чайки, кукушки и многие другие.
Индонезийский край изобилует муравьями, кузнечиками, термитами и жуками.
Морская фауна прибрежных вод так же богата и разнообразна. В морях водятся много акул, дельфинов, морских черепах, скатов, рыба-меч и рыба-пила, барракуд, летучих рыб, скумбрий, тунцов, бычков и анчоусов.
