После того как гарпии создают пару, начинаются поиски места для гнезда. Свой дом птицы сооружают на крепкой ветви, находящейся не менее чем в 40 м над землей. Из толстых веток и прутиков птицы сооружают большую платформу. Изначально размер гнезда в диаметре составляет более 1 м при высоте стенок в 60 см, но перед каждой новой кладкой гарпии обновляют и увеличивают его. Гнездовой сезон происходит раз в два года, и после спаривания самка откладывает одно крупное яйцо с густо покрытой пятнышками скорлупой. Высиживает кладку только мать, а отец приносит ей пищу. Когда на свет появляется птенец, на охоту начинают летать оба родителя. Оставленный в гнезде малыш сидит тихо, внимательно осматривая окрестности; с самого раннего возраста он, похоже, умеет распознавать своих потенциальных жертв, поскольку явно реагирует на вид ленивцев, обезьян и попугаев. Если птенец проголодается, то издает пронзительный крик и бьет крыльями, чтобы привлечь внимание родителей. Кормление происходит в гнезде, куда взрослые птицы приносят поживу. Схватив пищу, молодая гарпия начинает топтать ее ногами, учась умерщвлять живую добычу. Птенцы остаются в гнезде очень долго, после чего начинают учиться летать и добывать пропитание. Половой зрелости особи вида достигают в возрасте 4-5 лет.
