Фауну мирмекофилов можно определить путем изучения изъятых из муравейника проб, состоящих из строительного материала гнезда. В связи с тем, что унифицированные методики до конца еще не разработаны, то исследователи по отношению к муравейникам применяют приемы чисто почвенных методик. С. К. Стебаева, И. С. Андреева и Ж. И. Резникова (1977) предлагают брать послойные пробы на микроартропод и почвенную микрофлору из муравейника и контрольные пробы из почвенного разреза разъемным буром определенной площадью и объемом. Выгонку мирмекофилов из проб осуществляют при помощи модифицированного эклектора Тульгрена-Берлезе. Д. А. Криволуцкий (1975) предлагает брать пробы стандартного объема из стенки почвенного разреза ножом (начиная с нижних горизонтов вверх) или же из разных слоев почвенной ямы по мере ее углубления, указывая на основные недостатки применения буровой техники — невозможность отбора проб из глубоких почвенных горизонтов, сильное сдавливание проб (при этом раздавливаются животные), а также возможность засыпания почвы и микроартропод из выше лежащих горизонтов.
Учитывая эти недостатки, мы решили изучать муравейник послойно, путем взятия проб трех типов: поверхностные, вертикальные и контрольные. Одна проба состоит из серии послойных образцов, которые изымаются при помощи металлической рамки (10x10x5 см). Объем одного образца 0,5 дм3.
Поверхностные пробы состоят из серии последовательно взятых образцов с подстилки около муравейника, с земляного вала, купола и вершины купола муравейника до глубины 5 см в двух направлениях: с севера на юг и с запада на восток. Вертикальные пробы состоят их серии послойных образцов, взятых с поверхности муравейника вглубь до залегания гнездовых камер с захватом 5 см почвы под муравейником. Количество поверхностных и вертикальных образцов зависит от размера муравейника. Параллельно в месте взятия проб необходимо брать пробы на влажность и измерять температуру. Для взятия контрольных проб делается почвенный разрез на расстоянии 1,5 м от муравейника. Серия послойных образцов контрольной пробы берется с поверхности почвы вглубь до залегания коренной породы. Объем почвенных образцов зависит от высоты конкретного почвенного горизонта. Извлечение животных проводится воронками Тульгрена-Берлезе с использованием подогрева электролампами.
Представленный вариант методики изучения мирмекофилов, на наш взгляд, позволяет наиболее полно выявлять их фаунистический состав, а также их поверхностное и вертикальное распределение в муравейниках.